CryptographicException no se manejó: el sistema no puede encontrar el archivo especificado

 Si tenemos este error al ejecutar algun proceso sea certificado digital u otro desde el IIS, tenemos que realizar lo siguiente.

Configurar en el IIS el grupo de aplicaciones

Luego dar click en configuracion avanzada.

En Modelo de proceso, establecer Carga Perfil a true.

Listo